C-x C-f (find-file) でファイルを開くとき、ディレクトリの先頭で補完を行うと補完対象の最初に ../ と ./ が表示されます。
これは邪魔でしかないので消せないものかと思っていたのですが、以下のように find-file-read-args を再定義することで除外することができました。