anything-minibuffer-history（ミニバッファで C-r）はアクションが insert になっています。 しかしこれはミニバッファの現在の入力を置き換えた方が便利だと思います。
次のようにすると、現在のミニバッファへの入力にかかわらず、ヒストリの内容で置換されるようになります。